Sur des thématiques spécifiques liées aux droits de l'Homme, la CNCDH a des mandats spécifiques de « Rapporteur national indépendant ». Elle est aussi Commission nationale de mise en œuvre de droit international humanitaire.
La CNCDH a été nommée rapporteur national indépendant sur la lutte contre le racisme, l’antisémitisme et la xénophobie en 1990 ; elle remet chaque année un rapport au Premier ministre.
Depuis 2014, dans le cadre du Plan d'action national, la CNCDH est rapporteur national indépendant sur la lutte contre l'exploitation et la traite des êtres humains.
En avril 2017, la CNCDH s’est vue confier un troisième mandat de rapporteur national indépendant concernant le suivi et l’évaluation du plan national d’action pour la mise en œuvre des Principes directeurs des Nations Unies relatifs aux entreprises et aux droits de l’Homme.
Le 3 avril 2018, le Premier ministre a confié à la CNCDH un 4e mandat de Rapporteur national indépendant sur la lutte contre la haine anti-LGBT.
En décembre 2020, le Premier ministre a confié à la CNCDH un nouveau mandat de Rapporteur national indépendant concernant la politique publique en faveur de l’effectivité des droits des personnes handicapées. La CNCDH a rendu son premier rapport en novembre 2023.
La CNCDH est considérée comme commission nationale de mise en œuvre du droit international humanitaire par le Comité International de la Croix-Rouge (CICR) et la Croix-Rouge française depuis 1996.