En qualité d'Institution nationale des droits de l'homme accréditée auprès des Nations Unies, la CNCDH coopère avec de multiples organisations internationales et régionales, dans leurs activités liées aux droits humains et au droit international humanitaire.
La Commission nationale consultative des droits de l'homme est accréditée auprès des Nations Unies ; elle entretient des relations privilégiées avec les organes de l'ONU dans leurs actions pour la promotion et la protection des droits de l'Homme.
Du fait de son mandat et de son champ d’application géographique, le Conseil de l’Europe est un interlocuteur régional « naturel » de la Commission nationale consultative des droits de l'homme.
La CNCDH intègre la dimension de l’Union européenne dans ces travaux car la France, en tant qu’Etat membre, doit mettre en œuvre mais aussi contribuer à l’élaboration ou au renforcement des politiques et normes de l’UE en matière de droits de l’Homme.
Organisation impartiale, neutre et indépendante, le Comité international de la Croix-Rouge (CICR) a la mission exclusivement humanitaire de protéger la vie et la dignité des victimes de conflits armés et d'autres situations de violence, et de leur porter assistance.
Afin de remplir pleinement ses missions d’Institution nationale des droits de l’homme, la CNCDH est en contact très régulier avec un grand nombre d’organisations internationales.