La Commission nationale consultative des droits de l'homme est accréditée auprès des Nations Unies ; elle entretient des relations privilégiées avec les organes de l'ONU dans leurs actions pour la promotion et la protection des droits de l'Homme.
De part son accréditation auprès des Nations Unies, en qualité d'INDH de statut A, la CNCDH contribue régulièrement aux travaux menés par les instances onusiennes. Elle a la possibilité d’intervenir directement pendant les sessions du Conseil des droits de l'homme et des organes des traités, chargés de contrôler le respect des principaux conventions et traités en matière de droits de l'Homme. Elle formule également des recommandations ayant vocation à nourrir soit la position française défendue sur la scène internationale, soit directement les discussions menées dans les enceintes internationales. La CNCDH joue en outre un rôle unique dans le cadre de la procédure de l' « Examen périodique universel ».
Par ailleurs, plusieurs anciens ou actuels experts indépendants au sein des comités conventionnels des Nations Unies siègent à la CNCDH et dispensent de ce fait des informations de première main sur l'activité des comités auxquels ils appartiennent. La CNCDH se tient également informée des sujets examinés lors des sessions du Conseil des droits de l’homme et procède en amont et en aval de celles-ci à des échanges de vues avec le ministère des Affaires étrangères sur les enjeux principaux.
Enfin, la CNCDH coopère de manière directe avec les titulaires de procédure spéciales du Conseil des droits de l’homme lorsque ces personnes ou groupes de travail se penchent sur la situation en France. Elle s’assure par exemple du bon déroulement de leur mission, mais s’attache surtout à leur expliciter ses positions sur les différents sujets de préoccupation.